В соответствии с уставом Университета общее руководство вуза осуществляет коллегиальный орган - ученый совет Университета.
Ученый совет принимает решения по вопросам учебной и научно-исследовательской работы, финансово-хозяйственной деятельности и международных связей, утверждает структуру Университета, решает вопросы создания, переименования и ликвидации факультетов, отделений, кафедр, лабораторий и других учебных и научных подразделений, назначает дату и утверждает процедуру проведения выборов ректора, порядок выдвижения кандидатур и требования к ним, устанавливает процедуру избрания деканов факультетов, заведующих кафедрами, проводит экспертизу, связанную с присвоением ученых званий профессора и доцента, представляет преподавателей и сотрудников к государственным, отраслевым наградам и премиям, почетным званиям, решает другие вопросы, отнесенные к его компетенции законодательством Российской Федерации и уставом Университета.
Ученый совет Университета состоит из 59 человек. В состав ученого совета входят ректор Университета, который является его председателем, проректоры, деканы факультетов, заведующие кафедрами. Другие члены ученого совета избираются конференцией работников и обучающихся Университета с учетом предложений собраний (конференций) трудовых коллективов структурных подразделений, а также общих собраний обучающихся Университета. Ученый секретарь ученого совета назначается приказом ректора.
Срок полномочий ученого совета - 5 лет.